与此同时，大流感、疟疾和结核病等传统疾病不断产生变种、增加抗药性，继续对人类健康构成威胁。过去5年里，世界卫生组织在全世界范围内就核实了超过1100起疾病流行事件。
这份报告认为，SARS之后由禽流感病毒变异导致的下一次流感大流行已在全球拉响了警报。截至今年5月，已有12个国家报告了308例病例，其中186例死亡。尽管禽流感在人类中仍属偶发，大流行并未出现，但科学家们一致认为，流感大流行只是一个时间问题。
流感的传染性极强，通过咳嗽和打喷嚏传播，而且潜伏期很短，因此可能带来极大的破坏性后果。报告说，如果出现了一种全面传播的大流行病毒，那么将无法防止此病的传播。世界卫生组织预测，大流感很可能感染全球约25%的人口，即超过15亿人，即使病毒仅引起相对轻微的疾病，对经济和社会的破坏也将是巨大的。
卫生政策突然发生变化，也有可能带来致命的代价。2003年8月，尼日利亚北部出现了没有事实根据的传言，认为口服脊髓灰质疫苗不安全，可使幼儿以后不育。这些传言导致尼日利亚北部两个州暂停了脊髓灰质炎免疫接种，其他多个州疫苗接种率也大幅度降低。其结果导致脊髓灰质炎在尼日利亚北部发生大面积爆发，并且在南部此前无疫情的地区也出现了脊髓灰质炎流行。
此次疾病爆发最终造成尼日利亚成千上万名儿童瘫痪，而且从尼日利亚北部向19个无脊髓灰质炎的国家蔓延。
小儿麻痹症在尼日利亚重新抬头是一个警示。这表明某些疾病根除后，仍有再次爆发的风险。世界卫生组织强调，一旦将病毒从自然界中根除，全世界必须保持警惕，以防止意外或蓄意的病毒释放，造成新的威胁。
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