中国医药企业管理协会向国务院提交的《关于改革“以药养医”机制的建议》称，医药企业已经举步维艰。统计显示，2003年到2006年全国医药生产企业盈利能力逐年下降，亏损金额则大幅度上升。2003年，全国医药工业年收入利润率税前为9.7%，2006年1至10月份则降为6.34%，工业企业亏损面达到25.5%。2005年医药商业流通企业亏损面则达46%。
是什么造成了上述现状？中国医药企业管理协会认为，正是“以药养医”这个众所诟病的体制性顽疾。
目前，我国医疗卫生总支出超过6598亿元，占GDP的比例为5.6%。但中国医药企业管理协会常务副会长于德明提供的数据显示，政府支出占我国医疗卫生总支出的比例仅为17%，个人支出的比例却高达56%。同为发展中国家，泰国政府支出占本国医疗卫生总支出的比例为56.3%，墨西哥政府支出占本国医疗卫生总支出的比例为33%。欧盟国家这一比例更是高达80%至90%。
有数据显示，在我国公立医院的支出中，政府投入的只占7%，有的三甲医院甚至只有3%，剩下的支出均要靠医院自筹解决。在政府财政投入不足的情况下，医院通过药品价格加成收入弥补其财政投入不足所需的运营和发展费用，在我国被称为“以药养医”。
国家发改委2005年的统计显示，全国医院药品平均进销差率超过42%，而国家规定医院还可以在此基础上加价15%卖给患者。换言之，目前医院实际加价已经是国家规定的近3倍。
《关于改革“以药养医”机制的建议》表示，“以药养医”现行体制下，医院购进的药品价格越高，意味着医院的加价收入就越高，获利越大，这就刺激医院更愿意用高价药。
一支青霉素的价格只有几毛钱，利润极低，没有回扣，医生便使用疗效接近但价格较高的头孢类药物。目前市场上已经有很多廉价药品难觅踪迹，前不久上海一病危儿童需要最普通的抗菌药物“复方磺胺甲�齠唑注射剂（复方新诺明）”，竟在全上海找不到。
建议书指出，现行“以药养医”制度使得医疗机构成为逐利机构。医院收入、科室奖金相当一部分来自于药品创收，部分医疗机构和医生在企业的诱惑下，或明或暗地向企业索要回扣。“‘以药养医’的制度不解决，滋生腐败的土壤就不可能铲除，治理商业贿赂的效果也只能是表面的和暂时的。”建议书说。
建议书指出，“以药养医”机制促使医生开大处方，造成药物滥用，不仅加重了医疗负担，同时还增加了药品的毒副作用产生耐药性。世界卫生组织的资料显示，中国国内住院患者的抗生素使用率高达80%，其中使用广谱抗生素和联合使用的约占58%，远高于30%的国际水平。
建议书中说，根据卫生部医院统计数据测算，通过药价加成，全国医院每年的药品加价获利收入500多亿元，医院和医生每年从医药企业获得‘公关费’和‘回扣’也有数百亿元，这些费用以及医院无偿占用医药企业的上千亿元流动资金，维系着医院的运转。
药品必须“公关”和给“回扣”才能进入医院，意味着药品在定价时必须给这部分灰色支出留出空间。而目前国家药品定价机制不合理和权钱交易腐败，恰恰给企业留下了可乘之机。这刺激企业想方设法获得一个较高的国家定价，或者通过注册所谓“新药”绕开国家的价格管制获得较高的自主定价。这也正是药品“降价即死”和催生高价药的根本原因。
“药品改规格、改剂型是被逼出来的。因为如果不改，企业就难以生存。只有通过这种方式获得高的定价，才能进行药品销售的公关，也才能获得一点利润。”在与会的一位黑龙江代表看来，现在的药品定价是虚定价、大回扣，无异于把医药企业“逼良为娼”。
“国家制定药价，然后再宣布降价，降了这么多次，是否有用？大家心里应该很清楚。”北京秦脉医药科技发展有限公司总裁王波说。
在这个过程中，尽管药品价格虚高，但大部分利润被医生回扣、招投标公关费提成等中间环节“吃掉”，医药企业利润仍然微薄。比如欣弗问题药，政府批准价为38元，生产成本仅仅2元左右，但36元的毛利中，绝大部分为中间环节拿走，制药企业利润仅几毛钱。
面对国家屡次降价，部分企业有口难言。辽宁省医药行业协会会长陶钧举例说，复方丹参片国家定价1.8元，实际上制药企业单纯采购该药的原料成本就已经超过这个价格，在这样的价格下，药厂根本无法生存。
在中国医药企业管理协会看来，如果不从根本上改变“以药养医”的现行制度，目前单纯的药品降价、药品招标采购、药品挂网采购、药房托管等改革措施，无异于舍本逐末。
重庆医药行业协会副会长刘群纠正道，医疗费用是各种检查费用、药费等等的总和，如果能切断“医”和“药”的联系，医院合理用药，虚高的医疗费用就能降下来。
他举例说，青霉素上世纪80年代每支0.7元，现在还是这个价格，但没有多少医生愿意给患者开这样的药，在全国抗生素使用量上，青霉素仅排在第17位。
刘群觉得，如果不做体制变革，国家投入再多都会被“以药养医”这个无底洞给消耗掉。
